A partire dal 1991, ormai oltre vent'anni fa, Giampaolo Perna si è dedicato alla ricerca scientifica pubblicando sulle più importanti riviste scientifiche internazionali sia come autore principale che come coautore. Nelle sue varie ricerche ha collaborato con numerosi centri nazionali e internazionali, dimostrando sia capacità di leadership che la capacità di partecipare in qualità di gregario alle stesse. Ha superato la soglia delle 195 pubblicazioni scientifiche su riviste recensite o sulla banca dati mondiale MedLine oppure sul Journal of Citation Report, ottenendo oltre 1300 punti di Impact Factor e un H-index, indice delle citazioni scientifiche, di ben 52/42 (google scholar/scopus).